Возвращение острова
В 1991 году остров Коневец и монастырские постройки были переданы государством Санкт-Петербургской епархии. В феврале 1991 года митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский назначил наместником монастыря архимандрита Назария (Лавриненко). 28 мая 1991 года о. Назарий и еще семь человек прибыли на Коневец, чтобы начать возрождение обители. Спустя более пятидесяти лет после того, как коневская братия, спасаясь от войны, покинула остров, новые молитвенники продолжили монашескую традицию.
В том же году были обретены мощи преподобного Арсения, чудесным образом сохранившиеся под полом храма. Экспертиза мощей, подтвердившая их подлинность, была проведена в 1998 году.
В 1993 году Русская Православная Церковь отпраздновала 600-летие обители. Когда отмечалось 600-летие монастыря, обитель, конечно, была еще лишь в начале своего возрождения – нижний храм собора успели покрасить, но иконостас стоял ободранный, алтарь был пуст, состоянием других построек хвастаться тоже было нельзя. Тем не менее, праздник решили отметить. У чудотворной Коневской иконы Божией Матери в Ново-Валаамском монастыре был написан точный список. Его освятили и провезли на велосипедах крестным ходом по православным приходам Финляндии. По прибытии список положили на аналой, установленный на то место, где издревле стояла чудотворная икона, и отслужили молебен. В 1994 году были совершены первые монашеские постриги. Впервые побывавший в монастыре в 1996 году митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир по достоинству оценил труды архимандрита Назария в деле восстановления обители и назначил его наместником Свято-Троицкой Александро-Невской Лавры. В течение нескольких лет архимандрит Назарий возрождал оба монастыря, будучи не в силах расстаться с Коневцом. В 2009 году был хиротонисан во епископа, ныне епископ Кронштадтский Назарий остается наместником Александро-Невской лавры. С 1999 по 2001 год Коневский Рождество-Богородичный монастырь возглавлял игумен Мстислав (Дячина), ныне епископ Тихвинский и Лодейнопольский, священноархимандрит Александро-Свирского монастыря. С 2001 по 2007 год настоятелем был игумен Исидор (Минаев), ныне архимандрит, настоятель храма Воскресения Христова у Варшавского вокзала в Санкт-Петербурге. С 2007 года монастырь возглавляет архимандрит Александр (Арва), коневский постриженник, прошедший в нем путь от трудника до архимандрита.
12 марта 2013 года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви по прошению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира было решено образовать в административных границах Всеволожского, Выборгского и Приозерского районов Ленинградской области Выборгскую епархию. Епископом Выборгским и Приозерским был назначен Преосвященный епископ Бронницкий Игнатий (Пунин), викарий Московской епархии (журнал № 16). 25-26 декабря 2013 года, удовлетворяя прошение Преосвященного епископа Выборгского и Приозерского Игнатия, Священный Синод постановил утвердить его в должности священноархимандрита Коневского Рождество-Богородичного мужского монастыря на острове Коневец (журнал № 163).
Хотя относительно шестивековой истории обители период ее возрождения сравнительно невелик, но сделано было немало. Полностью восстановлен нижний храм Сретения Господня, проведен наружный ремонт собора. Полностью реконструирован игуменский корпус. Монастырская братия немногочисленна — около двадцати человек. Кроме того, на острове постоянно живет приблизительно такое же количество трудников. Летом количество жителей значительно увеличивается. С 2001 года работает Паломническая служба монастыря, которая занимается приемом гостей .На Коневце нет местных жителей, что создает особую атмосферу отдаленности от повседневной суеты. Вся жизнь обители выстраивается в соответствии с суточным кругом богослужений. Божественная литургия служится в монастыре ежедневно. Многие гости приурочивают посещение монастыря к его основным праздникам – памяти преподобного Арсения Коневского, 25 июня, и Коневской иконы Божией Матери, 23 июля. Нередко именно в эти дни случаются и архипастырские визиты. Коневский монастырь неоднократно посещали архиереи как Русской, так и Финской Православной Церкви. 19 августа 1998 года впервые за историю обители ее посетил Предстоятель Русской Православной Церкви Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. 11 июля 2009 года состоялся визит Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла. Не менее значимым для обители стал 2006 год, когда Коневский монастырь посетила чудотворная Коневская икона Божией Матери, некогда привезенная преподобным Арсением с Афона, а ныне пребывающая в Ново-Валаамском монастыре в Финляндии. В течение недели она находилась на своем историческом месте. За время пребывания в России к иконе смогли приложиться более 30 тысяч паломников. Место древней иконы вновь занял ее список, который уже также прославился своими чудотворениями. В 2015 году на остров вернулся еще один список Коневского образа, который до исхода братии располагался в иконостасе Коневского скита и был сохранен одним из советских офицеров. Священноархимандитом Коневского монастыря епископом Выборгским и Приозерским Игнатием были освящены полностью восстановленные и действующие скитские церкви – Казанская и Коневская, а также расположенная в северо-восточном углу каре Арсениевская.
В 2016 году остров Коневец посетил с неофициальным визитом президент Российской Федерации В.В. Путин. Обратив внимание на верхний храм во имя Рождества Пресвятой Богородицы, глава государства предложил компании «Роснефть» помочь в восстановлении обители. Начался новый этап ремонтно-реставрационных работ, в ходе которых на остров было проведено постоянное электроснабжение с материка, заново отреставрированы все здания монастырского комплекса и скитов, проведено озеленение территории. После реставрации храм во имя Рождества Пресвятой Богородицы был освящен Патриархом Московским и Всея Руси Кириллом 7 июля 2019 года.
Коневский монастырь вновь живет, уповая на молитвы своего основателя, преподобного Арсения.