Монастырь сегодня
В 1991 году монастырь был возвращен Санкт-Петеpбуpгской епархии.
В начале 1991 года по поручению митрополита Ленинградского и Ладожского Иоанна (Снычева) на остров отправляются его личный секретарь архимандрит Симон (Гетя), ныне митрополит Мурманский и Мончегорский, и игумен Назарий (Лавриненко), настоятель подворья Валаамского монастыря в Ленинграде, ныне епископ Кронштадтский. Цель их визита – оценить состояние построек и решить вопрос о целесообразности восстановления монастыря. Решение принято единодушное – возрождать! Игумен Назарий был возведен в сан архимандрита и назначен наместником Коневского монастыря.
28 мая 1991 года на Коневец вместе с о. Назарием прибыли семь человек. Так началось возрождение монастыря. Военные предоставили прибывшим две комнаты в Красной гостинице. Первыми работами были уборка металлолома и создание своего огорода. В конце июля 1991 года обитель посетил последний из оставшихся в живых насельников старого Коневца – послушник Андрей Пешков, или, как его звали в Финляндии, Антти. Он был уже тяжело болен, но изъявил такое твердое желание ехать на остров, что братия Ново-Валаамского монастыря, в котором он жил, не смогла противостоять ему. «Если я умру в пути, – говорил Антти, – я умру по дороге к родному монастырю. Если я умру на острове – тем лучше». Господь благословил Андрея Пешкова стать связующим звеном между двумя эпохами жизни монастыря. Антти пробыл на острове четыре дня, а, вернувшись в Финляндию, через две недели скончался. 
В ноябре 1991 года при ремонте нижнего храма были обретены мощи преподобного Арсения Коневского. Экспертиза мощей, подтвердившая их подлинность, была проведена в 1998 году. В декабре 1991 года в Финляндии было учреждено Общество «Коневец», которое начало оказывать всестороннюю помощь возрождающемуся монастырю.
К 1993 году, когда отмечалось 600-летие монастыря, обитель, конечно, была еще лишь в начале своего возрождения – нижний храм собора успели покрасить, но иконостас стоял ободранный, алтарь был пуст, состоянием других построек хвастаться тоже было нельзя. Тем не менее, праздник решили отметить. У чудотворной Коневской иконы Божией Матери в Ново-Валаамском монастыре был написан точный список. Его освятили и провезли на велосипедах крестным ходом по православным приходам Финляндии. По прибытии список положили на аналой, установленный на то место, где издревле стояла чудотворная икона, и отслужили молебен. В 1994 году были совершены первые монашеские постриги. Впервые побывавший в монастыре в 1996 году митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир по достоинству оценил труды архимандрита Назария в деле восстановления обители и назначил его наместником Свято-Троицкой Александро-Невской Лавры. В течение нескольких лет архимандрит Назарий возрождал оба монастыря, будучи не в силах расстаться с Коневцом.
С 1999 по 2001 год Коневский Рождество-Богородичный монастырь возглавлял игумен Мстислав (Дячина), ныне епископ Тихвинский и Лодейнопольский, священноархимандрит Александро-Свирского монастыря.
С 2001 по 2007 год настоятелем был игумен Исидор (Минаев), ныне архимандрит, настоятель храма Воскресения Христова у Варшавского вокзала в Санкт-Петербурге.
С 2007 года монастырь возглавляет архимандрит Александр (Арва), коневский постриженник, прошедший в нем путь от трудника до игумена. 11 июля 2019 года за усердное служение Святой Церкви Патриархом Кириллом был возведён в сан архимандрита.
12 марта 2013 года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви по прошению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира было решено образовать в административных границах Всеволожского, Выборгского и Приозерского районов Ленинградской области Выборгскую епархию. Епископом Выборгским и Приозерским был назначен Преосвященный епископ Бронницкий Игнатий, викарий Московской епархии (журнал № 16). 25-26 декабря 2013 года, удовлетворяя прошение Преосвященного епископа Выборгского и Приозерского Игнатия, Священный Синод постановил утвердить его в должности священноархимандрита Коневского Рождество-Богородичного мужского монастыря на острове Коневец (журнал № 163).
Хотя относительно шестивековой истории обители период ее возрождения сравнительно невелик, но сделано немало. Полностью восстановлен нижний храм Сретения Господня, проведен наружный ремонт собора.
Полностью реконструирован игуменский корпус, первый этаж которого сейчас занимает монастырская братия. Она немногочисленна — около пятнадцати человек. Кроме того, на острове постоянно живет приблизительно такое же количество трудников. Летом количество жителей значительно увеличивается. С 2001 года работает Паломническая служба монастыря, которая занимается приемом гостей и обслуживает монастырскую Красную гостиницу. В Белой каменной пока идут ремонтные работы. Отсутствие отопления и электричества не позволяет принимать паломников в зимнее время. Летом же многочисленных гостей привлекает уединенность обители, ее древняя история и возможность побывать на монастырских богослужениях. На Коневце нет местных жителей, что создает особую атмосферу отдаленности от повседневной суеты. Вся жизнь обители выстраивается в соответствии с суточным кругом богослужений. Божественная литургия служится в монастыре ежедневно. Многие гости приурочивают посещение монастыря к его основным праздникам – памяти преподобного Арсения Коневского, 25 июня, и Коневской иконы Божией Матери, 23 июля. Нередко именно в эти дни случаются и архипастырские визиты. Коневский монастырь неоднократно посещали архиереи как Русской, так и Финской Православной Церкви. 19 августа 1998 года впервые за историю обители ее посетил Предстоятель Русской Православной Церкви Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. 11 июля 2009 года состоялся визит Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла. Не менее значимым для обители стал 2006 год, когда Коневский монастырь посетила чудотворная Коневская икона Божией Матери, некогда привезенная преподобным Арсением с Афона, а ныне пребывающая в Ново-Валаамском монастыре в Финляндии. В течение недели она находилась на своем историческом месте. За время пребывания в России к иконе смогли приложиться более 30 тысяч паломников. Место древней иконы вновь занял ее список, который уже также прославился своими чудотворениями.
В 2015 году на остров вернулся еще один список Коневского образа, который до исхода братии располагался в иконостасе Коневского скита и был сохранен одним из советских офицеров. Священноархимандитом Коневского монастыря епископом Выборгским и Приозерским Игнатием были освящены полностью восстановленные и действующие скитские церкви – Казанская и Коневская, а также расположенная в северо-восточном углу каре Арсениевская.
В 2016 году обитель впервые посетил Президент России Владимир Путин. По соглашению, заключенному Выборгской епархией и ПАО «Роснефть», начались масштабные работы по восстановлению обители. До 2021 г. Владимир Владимирович Путин посещал остров ежегодно, и назвал результаты работы по возрождению монастыря «фантастическими».
К 2021 году были отреставрированы все храмы монастыря, а также Казанского и Коневского скитов, обновлены все здания монастырского каре, отреставрированы Красная и Белая гостиницы.