Второе шведское разорение монастыря (1610)

После смерти Федора Иоанновича в 1598 году пресекается царская династия, в России наступает Смутное время. Сменяют друг друга Лжедмитрии, Москву занимают польские войска. Для отражения интервенции царь Василий Шуйский заключает со злейшим врагом России — Швецией — договор о совместных военных действиях. В качестве оплаты Швеции передается Корельский уезд. Помощь Швеции оказалась незначительной, направленные ею войска бунтовали и в конце концов присоединились к польским интервентам. Шведское войско во главе с Якобом Делагарди заняло значительную часть карельских и новгородских земель, включая Орешек, Руссу, Ладогу, Ям, Копорье, Ивангород и Новгород.

В 1617 году между Россией и Швецией был заключен Столбовский мирный договор, по которому за Россией оставались Новгород, Русса, крепость Ладога, но «на вечные времена» к Швеции отходили земли по берегам Финского залива, реки Невы, по западному и северному побережью Ладожского озера с крепостями Орешком и Корелой и ладожскими островами , в том числе Коневцом и Валаамом.

Россия почти на 100 лет утратила выход к Балтийскому морю, а Коневский и Валаамский монастыри были вынуждены покинуть островные обители. С 1610 по 1718 годы братии пришлось вновь искать приюта в Деревяницком монастыре. За 100 лет место, где была обитель, поросло густым лесом. Некогда возведённый здесь силами монастырской братии каменный собор Рождества Пресвятой Богородицы был разобран шведами до основания, а камни увезены в г. Кексгольм (нынешний Приозерск) и использованы для строительства кирхи и крепостных укреплений, от собора осталось лишь основание каменного фундамента. Мощи преподобного Арсения, скрытые под полом храма, остались лежать нетронутыми.